Я поступаю на несколько факультетов, на которые требуется сдавать ДВИ по математике. Мне нужно сдавать ДВИ по математике для каждого факультета отдельно?

Нет. Если вы подавали документы на несколько факультетов МГУ, где требуется ДВИ по математике, то вам не придётся писать несколько экзаменов. ДВИ по математике одинаков для всех факультетов МГУ.